慧燈中學自然科領域有教師專業發展學習社群，每學期定期召開領域會議。

自然科是一門需要實際動手操作學習的學科，學生能從實驗中實際體會自然之美。慧燈中學有設備齊全的自然科學實驗室(位於春風樓地下一樓)專科教室設備齊全，足以因應各科特殊教學需求，主要有物理、化學以及生物實驗室等，讓學生能有豐富的實驗探索歷程。每年自然科老師們也會帶領學生們參加全國科展、國際科展、遠哲科學競賽等等，屢獲佳績。

自然科每年寒假舉辦科學探險營，招募全台對自然科有興趣的小孩，埋下對自然世界興趣啟蒙的種子。

校內也會舉辦科學週，讓全校師生一起共襄盛舉科學的盛宴。

目前共有十三位自然科教師共同教授國中高中部課程，自然科教師專業發展學習社群，正積極朝108素養導向跨領域協同教學共備課程目標邁進，除按部就班規劃108跨領域議題、專題、充實補強、加深加廣、多元選修等課程及和校內行政單位共擬校訂必修課程外，也積極安排領域教師增能研習，聘請國教輔導團教師及大學教授，依照108課程需求針對相關主題研習增能。老師們的努力精進，更能造福慧燈每一位學生。